Vārkavas vidusskola īsteno šādas izglītības programmas:
- pirmsskolas izglītības programmu (kods 01011111);
- pamatizglītības programmu (kods 21011111);
- vispārējās vidējās izglītības vispārizglītojošā virziena programmu (kods 31011011)
- speciālās pamatizglītības programmu izglītojamajiem ar mācīšanās traucējumiem (kods 21015611)