Skola II Vārkavas apkaimē dibināta 1920. gadā pie Vārkavas katoļu baznīcas. Pirmā skolas pārzine bija Mariana Vilcāne.
1923. gadā skolas vajadzībām iemērīts muižas centrs ar divstāvu mūra pili. 1927. gada februārī pili pēc remonta iesvēta par skolu.
Svētkos saņemta apsveikuma telegramma no toreizējā izglītības ministra Jāņa Raiņa.
1956. gada 23. jūnijā skolā notika pirmais vidusskolas izlaidums. Gatavības apliecību saņēma 16 absolventi, kuriem klases audzinātājs bija dziedāšanas skolotājs Kazimirs Paukšte.
20.gs. 70. gados skolas telpu nepietika, lai nodrošinātu pilnvērtīgu mācību procesu. Skolas direktors Stanislavs Vilmanis pielika visas pūles, lai varētu sākt jaunās skolas celtniecību. Skola tika uzcelta triecientempā –tas notiek viena gada laikā. 1978. gadā skolas kolektīvs ver jaunās skolas durvis.

Vārkavas vidusskolas bijušie direktori: Stanislavs Vilmanis, Staņislavs Stankevičs,
Anita Vilcāne un Juris Erts skolas 80. gadu jubilejā
Vidusskolas pastāvēšanas gados no 1956. gada līdz 2017. gadam skolu absolvējuši jau 857 Vārkavas apkārtnes jaunieši.

2003. gadā skolas ēka tiek renovēta
2008.gadā uzbūvēts stadions