Vārkavas vidusskola īsteno šādas izglītības programmas:

  • pirmsskolas izglītības programmu (kods 01011111);
  • pamatizglītības programmu (kods 21011111);
  • vispārējās vidējās izglītības vispārizglītojošā virziena programmu (kods  31011011)
  • speciālās pamatizglītības programmu izglītojamajiem ar mācīšanās traucējumiem  (kods 21015611)